Quando fu costruita l'attuale basilica, l'acqua della laguna penetrava verso la Piazza attraverso una darsena, fino a lambire la chiesa e il campanile. Un rio divideva la chiesa dal palazzo ducale che risultava perciò tutto circondato dall'acqua come un castello. La piazza era assai piccola e arrivava fino "al rio batario", al di là del quale si trovava la chiesetta di San Geminiano.

Durante il dogado di Sebastiano Ziani (1102-1178), trentanovesimo Doge della Repubblica, la darsena davanti al Palazzo Ducale fu interrata ricavando l'attuale Piazzetta San Marco. Furono pure interrati il canale fra Chiesa e Palazzo e il "rio batario" davanti alla Chiesa, ampliando così la Piazza, più che raddoppiata in lunghezza, con l'inclusione dell'orto donato dalle monache di San Zaccaria.

VENEZIA, 21 giugno 2011 - Alcune strutture edilizie legate alla storia della Piazza e riconducibili al periodo compreso tra la fine del XII e la seconda metà del XIX secolo sono emerse nel corso dei sondaggi archeologici condotti nell’ambito delle attività per il consolidamento del campanile di San Marco a Venezia, realizzate dal Consorzio Venezia Nuova per conto del Magistrato alle Acque di Venezia e in stretto coordinamento con la Procuratoria di San Marco.
In particolare, sono venuti alla luce tre livelli diversi di pavimentazione e, sottostanti a questi, la sponda di un antico canale che attraversava la piazza, in senso est-ovest, dalle Procuratie Nuove a quelle Vecchie. Si tratta, probabilmente, del rio Batario che il Doge Sebastiano Ziani, sul finire del XII secolo, volle interrare per allargare il sedime della Piazza. Le attività archeologiche - i cui risultati saranno al centro di un incontro giovedì prossimo - sono state condotte con il coordinamento degli archeologi del Consorzio Venezia Nuova e la direzione scientifica della Soprintendenza per i Beni Archeologici del Veneto. (Ansa)

Nel XII sec. ci fu a Venezia, in Piazza San Marco, forse l'episodio più importante di quel tempo.
Con la mediazione della Serenissima Repubblica di Venezia, l'imperatore Barbarossa e il papa Alessandro III accettarono di incontrarsi per trovare un accordo dopo il lungo e devastante conflitto che aveva visto protagonisti Impero e Papato.
L'incontro avvenne nel portico antistante la chiesa di San Marco.
L'immagine, tratta da una stampa del XVI secolo, celebra lo storico momento.
La Repubblica, che durante la contesa aveva cercato di mantenere una linea di sostanziale neutralità, trasse da questo avvenimento un grande prestigio. Essa infatti era stata scelta come arbitro di una situazione delicatissima in cui erano venute a scontrarsi le due maggiori autorità del Medioevo.

Il quadro di Gentile Bellini, di notevoli dimensioni (373x745 cm), è una delle più celebri rappresentazioni di Piazza San Marco. Venne eseguita nel 1496 e ricorda il trasporto in processione della reliquia della Croce di Cristo conservata nella Scuola Grande di San Giovanni Evangelista. Era questo un avvenimento estremamente significativo per l'importanza sociale, politica e religiosa della Scuola e di Venezia tutta. La reliquia, "Particula del legno della Croce", fu donata alla Scuola nel 1369 da Filippo de' Mérzières, Gran Cancellire del regno di Cipro e Gerusalemme, che l'aveva a sua volta ricevuta in dono da San Pietro Tommaso, Patriarca di Costantinopoli.